黄林团队合作开发RNA适配体数据库-Ribocentre-aptamer database在Nucleic Acids Research杂志发表

论文题目：Ribocentre-aptamer: an integrative, structure-focused database for RNA aptamers.     

通讯作者：黄林 等

第一作者：付勃 等

论文发表刊物：Nucleic Acids Research

【研究背景】

RNA适配体作为"化学抗体"，在临床诊断、靶向治疗和实时监测等领域展现出巨大潜力。以蛋白质组学技术SomaScan为例，它通过适配体实现了对数千种血清蛋白的高通量定量，在癌症早期诊断和生物标志物发现中具有重要价值。然而，现有适配体数据库（如UTexas、AptaDB等）主要关注序列信息，缺乏实验验证的结构数据与配体结合机制的整合，严重阻碍了理性设计新型适配体的进程。临床应用中，适配体的结合特异性和亲和力优化仍依赖大量试错，亟需一个能够揭示分子互作机制的资源平台来推动精准医疗发展。

【主要发现】

本研究构建的Ribocentre-aptamer数据库整合了191种适配体类型、669篇文献数据，包含510条序列、123个小分子配体和344个蛋白配体的实验验证结构信息。该平台首次系统收录了52个具有实验解析结构的适配体-配体复合物（如ATP-AMP复合物PDB 1RAW），通过交互式界面展示二级/三级结构、配体结合口袋和关键氢键网络。以茶碱适配体为例，数据库不仅提供其从SELEX筛选到2.1Å晶体结构解析的研究时间轴，还精确标注了A7-U27碱基对在构象调控中的关键作用。

【研究意义】

该数据库通过原子级互作信息直接支撑临床检测技术的优化。例如对TetR蛋白结合适配体的界面分析，为SomaScan技术中somamer的结合动力学优化提供了结构基础，显著提升了对低丰度疾病标志蛋白的检测灵敏度。此外，配体类似物数据加速了靶向药物递送系统（如适配体-药物偶联物）的设计，而批量下载功能支持AI模型训练，有望将适配体开发从经验筛选推进到计算驱动的新阶段。这一资源与UniProt、PDB等数据库的跨平台联动，构建了从结构生物学到临床转化的桥梁，为个体化医疗中的分子诊断和治疗工具开发提供了不可或缺的平台。

论文链接:

https://doi.org/10.1093/nar/gkaf1016

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