姓名：黄林
职称：研究员，国家高层次青年人才
导师资格：博士生导师
招生专业：分子医学
联系方式：huanglin36@mail.sysu.edu.cn
实验室网站：https://lab.rjmart.cn/10109/NASRG
一、简介：
黄林，中山大学孙逸仙纪念医院PI、分子医学专业博士生导师，2019年入选中山大学“百人计划”-中青年杰出人才，2022年入选广东省“珠江人才计划”-青年拔尖人才项目，2023年入选国家高层次青年人才项目。获中山大学优秀研究生导师奖等。
核酸结构研究组 Nucleic Acid Structure Research Group依托科技部长链非编码RNA与重大疾病国际科技合作基地、RNA医学学科创新引智基地以及粤港RNA医学联合实验室，主要围绕“非编码RNA序列、结构与功能的关系”这一重要科学问题开展研究，立足于系统理解多个RNA motif，并深入理解含有这些RNA motif的ncRNA的功能（包括核糖开关、核酶、微生物ncRNA、长非编码RNA、环形RNA等）。
2019年回国前在英国邓迪大学David Lilley院士团队从事博士后研究。 黄林博士长期从事非编码RNA结构与功能的研究。近5年来以深入理解RNA motif为基础，系统对RNA功能和相关调控机制进行探索。对RNA kink‐turn (k‐转角)结构模体的研究使得仅通过序列即能准确预测k‐转角能否正确折叠以及其原子尺度准确的结构构象。k‐转角RNA motif研究在领域内被认为是“整合各方资源系统研究RNA motif的典型代表”。
基于对RNA 结构模体的深刻理解，他首次阐明了II 型胍 (guanidine) 、III 型胍、V 型 S-腺苷甲硫胺酸 (SAM-V) 、古菌L7Ae类、II 型谷氨酰胺 (glutamine) 、SAM/SAH、NAD+-I (辅酶I) 和NAD+-II （NAR 2023，最后通讯作者）共八种核糖开关特异识别相关配体的结构基础以及在相关微生物中调控基因表达的工作机理。
首次阐明序列靶向性甲基化核酶的三维结构，并阐明该核酶的反应机理（Nature chemical biology 2022，最后通讯作者）。据此改变相关反应条件, 使反应速率提高10倍以上。可高效制备位点特异性甲基化、荧光、生物素和重原子标记RNA（相关发明专利已获授权）。
研究成果以（共同）通讯/第一作者身份发表SCI论文25篇，22篇发表于2016年至2024年。包括Nature Chemical Biology1篇（最后通讯），Nucleic Acids Research 10篇，EMBO Report 1篇，Cell chemical biology 2篇（其中一篇为封面文章）， Nanoscale 1篇，RNA Biology 1篇，RNA 5篇，其中六项研究成果被选为RNA杂志封面。受邀在以“RNA结构建模与设计”为主题的Journal of Molecular Biology特刊发表综述。受邀在著名期刊Quarterly Reviews of Biophysics发表长篇综述。同时与世界多家权威研究机构开展实质性合作研究，包括斯坦福大学、约翰·霍普金斯大学、法国巴斯德研究院、英国约翰英纳斯研究中心、深圳湾实验室、厦门大学和英国邓迪大学等。
二、主要研究方向
1. 非编码RNA的结构与功能（核糖开关、核酶、致病微生物中未知功能非编码RNA）
2. 非编码RNA在特定疾病的发生和发展过程中的作用及分子机制
3. 生物信息RNA结构预测
三、主持的“在研”课题
1.国家级青年人才项目-国家万人计划青年拔尖人才（2023-2028，主持）
2. 国自然面上项目：孤儿核糖开关候选者的结构与配体鉴定（2022-2025，主持）
3. 科技部广州实验室合作项目：新冠RNA结构与功能（2022-2027，子课题负责人）
4. 广东省“珠江人才计划”-青年拔尖人才项目（2023-2025，主持）
5.广东省自然科学基金：人基因组中LINE-1与OR4K15核酶结构与功能研究（2024-2026，主持）
四、代表论著 (#第一作者，*通讯作者)
1.Ribocentre-switch: a database of riboswitches. Nucleic acids research 2024, 52(D1), D265–D272.
F Bu #, X Lin #, W Liao#, Z Lu, Y He, Y Luo, X Peng, M Li, Y Huang, X Chen, B Xiao, J Jiang, J Deng, J Huang, T Lin, Z Miao*(苗智超).L Huang *(IF 19.16)
（岚翰新闻报道https://mp.weixin.qq.com/s/Yx-ITji2xtwwQKHCFBGW3w）
2.Structure and ion-dependent folding of k-junctions. RNA 2023, 29(9), 1411–1422.
M Li#, X Peng#, J Deng#, J Wang, TJ Wilson., L Huang*, DMJ Lilley* (IF 5.636)
（岚翰新闻报道https://mp.weixin.qq.com/s/lptaNiq8XSoULVv8R2ahPA)
3. Crystal structures of the NAD+-II riboswitch reveal two distinct ligand-binding pockets. Nucleic Acids Research, Published: 25 February 2023
X Peng, W Liao, X Lin, DMJ Lilley*, L Huang*(IF 19.16)
（岚翰新闻报道https://mp.weixin.qq.com/s/Dle-QqSL_BmqD8IGad3gQQ）
4. Ribocentre: a database of ribozymes. Nucleic acids research 2023 51 (D1) D262–D268.
J Deng#, Y Shi#, X Peng#, Y He, X Chen, M Li, X Lin, W Liao, Y Huang, T Jiang, DMJ Lilley*, Z Miao*(苗智超), L Huang* (IF 19.16)
（岚翰新闻报道 https://mp.weixin.qq.com/s/lgZzTxhNqNYawuV1FkE5Ew）
5. Structure and mechanism of a methyltransferase ribozyme. Nature Chemical Biology2022 18, 556-564.
J Deng, T Wilson, J Wang, X Peng, M Li, X Lin, W Liao, DMJ Lilley* and L Huang* (IF 16.284)
（BioArt 新闻报道https://mp.weixin.qq.com/s/hD3YzH-taqcOteBMBHdeNg）
（Nature Chemical Biology 同期评述https://www.nature.com/articles/s41589-022-00998-5）
（Faculty opinions 亮点推荐 https://facultyopinions.com/member/7609507571850243）
6. Structure and folding of four putative kink turns identified in structured RNA species in a test of structural prediction rules. Nucleic acids research 2021 49 (10), 5916-5924.
L Huang#*, X Liao#, M Li#, J Wang, X Peng, TJ Wilson, DMJ Lilley * (IF 19.16)
7. Crystal structure and ligand-induced folding of the SAM/SAH riboswitch. Nucleic acids research 2020 48 (13), 7545-7556.
L Huang, T Liao, J Wang, T Ha, DMJ Lilley* (IF 19.16)
8. Structure and ligand binding of the ADP-binding domain of the NAD+ riboswitch. RNA 2020 26 (7), 878-887.
L Huang, J Wang, DMJ Lilley* (IF 5.636)
9. Structure and ligand binding of the glutamine-II riboswitch. Nucleic acids research2019 47 (14), 7666-7675.
L Huang#, J Wang#, AM Watkins, R Das, DMJ Lilley* (IF 19.16)
10.Effect of methylation of adenine N6 on kink turn structure depends on location. RNA Biology 2019 16 (10) 1377-1385.
S Ashraf#, L Huang#, DMJ Lilley* (IF 4.766)
11.Structure-guided design of a high affinity ligand for a riboswitch. RNA 2019 25(4), 423-430.
L Huang, J Wang, T Wilson, DMJ Lilley* (IF 5.636)
12.The role of RNA structure in translational regulation by L7Ae protein in archaea. RNA2019 25(1), 60-69.
L Huang, S Ashraf, DMJ Lilley* (IF 5.636)
13. Structure and ligand binding of the SAM-V riboswitch. Nucleic acids research 2018 46 (13), 6869-6879.
L Huang, DMJ Lilley* (IF 19.16)
14.The kink-turn in the structural biology of RNA. Quarterly Reviews of Biophysics2018 51 e5, 1-32.
L Huang, DMJ Lilley* (IF 7.44)
15.Structure of the Guanidine III Riboswitch. Cell chemical biology 2017 24 (11), 1407-1415.
L Huang, J Wang, TJ Wilson, DMJ Lilley* (IF 9.039)
16.Control of box C/D snoRNP assembly by N6-methylation of adenine. EMBO reports2017 18 (9), 1631-1645.
L Huang, S Ashraf, J Wang, DMJ Lilley* (IF 9.071)
17.The Structure of the Guanidine-II Riboswitch. Cell Chemical Biology 2017 24 (6), 695-702.
L Huang#, J Wang#, DMJ Lilley* (IF 9.039)
【参编专著】
18. The interaction between L7Ae family of proteins and RNA kink turns. Biophysics of RNA-protein interactions. Springer. 2019. p. 23-37.
L Huang, DMJ Lilley*
19. Kink turn structural motif in RNA. RNA nanotechnology and therapeutics. CRC Press. 2013. p. 59-72.
P Daldrop, L Huang, KT Schroeder, J Wang, DMJ Lilley*
【授权专利】
20. 促进MTR1核酶催化反应的方法及MTR1核酶的应用（专利号：ZL 2022 1 0238704.7 ）
黄林; 邓洁
粤公网安备 44010402003003号 