中山大学孙逸仙纪念医院药物临床试验机构为卫生部首批的"卫生部临床药理基地"。卫生部于1996年批准了我院的消化内科和皮肤科专业，1998年批准了心血管内科和内分泌内科专业，目前我院设30个临床专业组，包括心血管内科，内分泌科，皮肤科，妇产科，骨科，呼吸科，神经内科，消化科，医学影像（诊断），麻醉科，耳鼻喉科，风湿科，乳腺外科，泌尿外科，血液科，肝胆外科，肾内科，眼科，医学诊断（核医学），肿瘤，重症医学，中医内科（心血管、神经内科），急诊，康复，小儿血液科，小儿内分泌，胸外，心脏大血管，普通外科（胃肠），口腔等。药物临床试验机构专业数目前位居广东省第一。现机构主任为林天歆教授、副院长。本机构的工作研究范围主要包括：对全院所有涉及人体的临床研究项目（药物临床试验、医疗器械临床试验、体外诊断试剂临床试验进行立项管理、方案审核、经费/合同审核、质量控制、总结报告审核签章、对研究资料进行管理等。