朱亚锋/尹东团队开发不同质谱平台通用的蛋白质组学差异蛋白鉴定方法在Nature Protocols杂志发表

论文题目：Differential protein expression analysis of quantitative mass spectrometry data using DEqMS

通讯作者：朱亚锋/尹东等

第一作者：朱亚锋等

论文发表刊物：Nature Protocols

【研究背景】

当前肿瘤患者在接受放化疗，靶向或免疫治疗中存在较大的异质性，鉴定可以预测治疗响应的生物标志物是提高患者预后，实现精准医疗的重要途径。随着质谱技术的飞速发展，蛋白质组学已能够实现与基因组学、转录组学相媲美的分析深度。然而，如何从海量质谱数据中准确识别出在不同样本组间存在显著差异的蛋白质，始终是困扰研究者的核心问题之一。

【主要发现】

通过分析蛋白组数据发现一个普遍规律：蛋白质定量的方差随着用于定量的质谱特征数量的增加而逐渐降低。基于这一发现，DEqMS用非参数局部回归拟合出一条“先验方差-特征数量”曲线，这种策略可以从蛋白质组数据中更准确、更灵敏地识别真正的差异蛋白。

【研究意义】

我们的研究成果提供了一个不同质谱平台通用，准确性高，运行稳健且易用的蛋白质组学差异蛋白鉴定工具——DEqMS。这一方法学上的进步，对肿瘤临床研究的意义主要体现在两方面：

1.提升生物标志物发现的效率与可信度：肿瘤研究的一大目标是发现用于早期诊断、预后判断或疗效预测的蛋白质标志物。DEqMS通过准确识别差异蛋白，让研究者能更精准地聚焦于真正的候选标志物，从而提高研究的成功率。

2. 为精准分型和机制研究提供更可靠的数据基础：肿瘤精准医学的核心是根据分子特征对患者进行分型，并理解背后的驱动机制。DEqMS通过提高差异蛋白鉴定的准确性，得出更可靠的疾病分型或机制结论 。

图1: DEqMS在定量蛋白质组学分析流程中的作用。

论文链接:

https://doi.org/10.1038/s41596-026-01349-7

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